在此期间，拿破仑一面向普鲁士扩张，一面和英、俄进行了大量的谈判。开始是塔列朗和新近释放的英国囚犯亚默思勋爵进行谈判；接着，1806年8月5日 ，英国大臣劳德雷尔出乎拿破仑和塔列朗的预料来到巴黎，根据外交大臣福克斯的命令，对法国做出了相当大的让步。福克斯愿意承认约瑟夫为那不勒斯国王、路易为荷兰国王，同时承认莱茵同盟国的地位。英国愿将荷兰的殖民地（除了好望角以外）归还给荷兰，并从西西里撤走。作为交换，塔列朗同意英国保留马耳他并将汉诺威归还英国。可是拿破仑在当月不作任何解释就否决了这项已经草签的和约，从而放弃了和英国媾和的最后机会。次月，失望的福克斯去世，他对英国国会做出的争取和平的承诺未能兑现。机会不会再有了，由于法国统治者的原因，战争将一直进行到底。
同时，在7月，俄国外交官乌布里来到巴黎与塔列朗签订法俄和约的初约。该初约在7月20日草签，不过这次是在奥斯特里茨吃了败仗、仍然耿耿于怀的俄皇亚历山大拒绝批准和约。9月3日，得知俄皇的拒绝时，拿破仑对塔列朗说：“看来我是无法和欧洲的任何一个强国结成真正的同盟了。”他随即命令陆军部征募5万新兵，并在新近得到的城市韦塞尔建筑要塞。9月26日，拿破仑进军德意志，于10月2日在维尔兹堡建立了临时的指挥部，在那里，他命令他的8名元帅：“做好战争准备，一旦接到命令各军团可以在一个小时内出发。”
行动缓慢的普鲁士国王弗里德里希·威廉三世以及普鲁士贵族眼看拿破仑的势力已经深入到德意志的心脏，普鲁士的领土完整受到严重威胁，加之有消息说拿破仑已经答应英国外交大臣福克斯将汉诺威归还英国，而原来拿破仑私下许诺将汉诺威给普鲁士的。1806年7月12日，法国宣布莱茵同盟成立，并立即将维尔兹堡和萨克森包括在内，使位于波茨坦王宫里的普鲁士国王弗里德里希大为震惊。普鲁士王朝传统上一直惧怕和嫉恨萨克森（位于柏林南面，包括莱比锡和德累斯顿两个城市），现在被包括进了拿破仑的新德意志帝国，自然十分震怒。其实拿破仑心中明白，他故意煽动普鲁士的怒火。
弗里德里希的怒气已经无法控制了，9月26日，他给拿破仑发出了一封很长的信，实际上是最后通牒——通牒措辞激烈而直截了当，强烈谴责莱茵河同盟国的缔造和缪拉对韦塞尔的占领。欧洲对“这种持续的恐惧和不安的热病”已无法承受。他留给法国回答的最后期限是10月8日，他完全不知道拿破仑已经在进军普鲁士的路上了。10月7日，拿破仑在班贝格收到这份最后通牒后，立即发布消息，称这份文件是“感人的反法小册子”。
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第二十五章 皇帝的进行曲（4）
“动员你的军队，调集你的一切力量……守住你的疆界， 而我将直捣普鲁士，进军柏林！”那年9月，拿破仑在给他的弟弟、荷兰国王路易的绝密信中这样写道。莫蒂埃的第八军团在美因兹集结，他将会同路易的大军固守莱茵一线。在普鲁士国王下决心和法国交战之前，拿破仑已经抢先一步，将部队开到了前线。“如果与你交战的敌军不超过3万人，你应该和内伊元帅一起奏着军乐前进并攻击他们。”拿破仑于10月5日对苏尔特元帅指示道。此时，拿破仑在德意志南部已经集结了号称有20万人马的大军，其中包括还在达尔马提亚的13；500人马尔蒙军、40；000人还在托斯卡尼的马塞纳意大利军、40；000人欧仁的北方军和18；000人路易的荷兰军。实际上在向柏林进军的大军只有6个军团：苏尔特的四军团、内伊的六军团、达武的三军团、奥热罗的七军团、勒费弗的五军团（不久归拉纳指挥）和贝纳多特的一军团，以及缪拉的骑兵团。此外，新成立的莱茵同盟国集结了27；000人保卫各自的边境。所以，实际上拿破仑只有不到10万人。拿破仑面临的普鲁士大军由两个军团和一支独立军组成。两个军团分别由布伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥，独立军则由瑞歇尔将军指挥。普军总兵力114；500人，拿破仑的兵力96；000人。
拿破仑的大军朝东北方向的耶拿、瑙姆堡和莱比锡推进，寻找普军作战。10月9日，也就是弗里德里希的最后通牒到期的第二天，缪拉和贝纳多特继续进军。10日，拉纳的第五军团逼近萨尔弗尔德城，与该城路德威格亲王的8；300人敌军展开激战，亲王寡不敌众在肉搏中死于法军的刺刀下，其部下逃往布伦瑞克公爵守护的魏玛或霍恩洛厄亲王守护的耶拿。法军的神速使普军指挥官大为吃惊。
法军继续前进，拿破仑断定敌军主力会集结在吉拉，结果扑了个空。缪拉的骑兵在前探路，达武进军瑙姆堡，两翼由拉纳和奥热罗率领。弗里德里希和布伦瑞克仍然在向魏玛进发的中途，他们得知法军已经占领了在他们前方的瑙姆堡和莱比锡。
10月13日清晨，普军召开军事会议决定不与耶拿附近的法军交战，而是转进北方。此决定无异于怯阵逃跑，普军士气极为低落；而拿破仑对此毫无觉察，仍期望在16日前与普军决战。拿破仑作战的一大弱点就是缺乏可靠的军事情报，特别是在这场战役中，照说他的德意志同盟以及他在柏林和普鲁士军中的直接内应应该能够为他提供及时准确的情报。
接到达武、奥热罗和缪拉送来的大量报告之后，在13日上午9点，拿破仑终于意识到整个普军已经向北转移。他立即向达武、拉纳、内伊、苏尔特和贝纳多特发布一连串的命令，做好在耶拿决战的准备或是追击逃跑的普军。下午3点，正在向耶拿城前进的拿破仑接到拉纳的报告，说法军已经占领耶拿城。拿破仑进行了最后的战略部署，决定将仍然处于魏玛附近和耶拿之间的普军主力一网打尽。
实际上，拉纳的第五军团在当天的早上就一举攻下了耶拿，普军慌忙逃窜，拿破仑在下午赶到耶拿城北和拉纳会合。拿破仑传令苏尔特和内伊率部迅速赶到耶拿，并命令其他各部占领耶拿北面的高地，在该高地上拿破仑配备了42门重炮。拿破仑认为布伦瑞克的军队已全部陷入包抄，便命令在瑙姆堡西部的达武和贝纳多特（以及缪拉的骑兵师）长途急行军赶到阿波尔达以断绝普军后路。10月14日拂晓6点，大雾弥漫，拉纳开始进攻。拿破仑万没有想到，此时他们面对的只是担任后卫的霍恩洛厄军团，普军主力早已悄悄北撤了。法军一开始就占了上风，霍恩洛厄的几个师遭到沉重的打击。拉纳军继续攻击前进。11点，内伊军团赶到参战。霍恩洛厄没有抓住机会突围，而是等待瑞歇尔将军的援军到来；可是瑞歇尔的援军却姗姗来迟，在法军发动进攻的两小时期间，其损失十分惨重。
到12点30分时，拿破仑在前线的兵力已经达到5万多人，而且还有4万多人的后备力量，包括缪拉的骑兵团与内伊和苏尔特从南部和西部调来的部队。法军正式发起进攻，将预备队、近卫军和骑兵团全部投入战斗。
霍恩洛厄意识到法军的力量远远超过了自己，于是命令向北撤退，朝魏玛方向逃跑。到下午3点，耶拿战役法军已经稳操胜券。一小时后，缪拉在通往魏玛的路上追击普军，奥热罗的军团紧随其后。他们不抓俘虏、不听求饶，见普军就杀，溃逃的普军大多成了法军的刀下之鬼。苏尔特也将普军的其余残部全部歼灭。
拿破仑命令清理耶拿战役的战果：法军死伤5；000人，普军死伤1万人。直到那天晚些时候，拿破仑返回耶拿城时才得知他的9万多人所击败的根本就不是普军主力。而达武元帅率领的26；000人的第三军团在奥尔斯塔特却遇到了比他人数多出一半以上的、由布伦瑞克指挥的普军主力。
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第二十五章 皇帝的进行曲（5）
达武和贝纳多特在10月14日凌晨4点接到拿破仑的命令，要他们放弃瑙姆堡和奥尔斯塔特之间的北部地区，朝南进军以协助他攻打耶拿。14日6时，达武的先头部队抵达奥尔斯塔特东北的汉森豪森村，浓雾之中，正好遇上普军主力的前卫。两军对峙，达武陷入了布伦瑞克63；000人和230门火炮的重围之中。其左翼居丹遭到由布吕歇尔3的骑兵和步兵做后盾的4个普军军团的攻击。达武的处境十分危险。
就在奥尔斯塔特附近、正在朝耶拿前进的贝纳多特军接到了达武的求救信，贝纳多特借口不能违抗拿破仑的命令而拒绝前去助达武一臂之力，贝纳多特历来不喜欢达武。这是在拿破仑的重大战役中第一次出现将领相互见死不救的情况。此后，类似的事情将时有发生，这会使法国和法国的大军处于十分危险的境地。
贝纳多特军继续懒洋洋地朝耶拿城前进，很晚才到达——这是惟一一个在这次战役中成功地躲避了两场血腥大战的军团。拿破仑对贝纳多特不去援助达武以及迟迟才赶到耶拿十分生气——8英里路程，他们整整走了5个小时。如果他早一点赶到，至少可以有力地阻止普军的溃逃，免去法军朝北越过整个普鲁士穷追普军之苦。拿破仑在瑙姆堡当着一批军官的面说：“我要把他提交军事法庭审判……”拿破仑没有忘记，就是这个贝纳多特，在几年以前任西布里塔尼军司令时，曾经卷入过推翻拿破仑第一执政的阴谋——拿破仑应该在那时就对他下手才是，现在已经为时太晚了。现在，贝纳多特的妻子德西蕾是约瑟夫妻子的妹妹，这个裙带关系又救了贝纳多特的命。
在奥尔斯塔特陷入重围的达武仍然在英勇奋战，普军总司令布伦瑞克见法军顽强抵抗，亲率一团榴弹兵冲锋，被飞弹击中头部而亡。普军群龙无首，各自为战，很快就处于不利地位。倒霉的普王失去了爱将，决策连连失误，加之11时莫朗的师团赶到，加强了法军左翼，解救了居丹，使他能加强中路。普王最后不得不下令整个普军向魏玛方向撤退。
“到12点30分为止，骄傲的普军已经朝西北方向丢盔卸甲而逃。”拿破仑在下午4点成功地结束了耶拿战役。4点半，精疲力竭的达武也成功地结束了奥尔斯塔特战役。法军在耶拿和奥尔斯塔特两大战役大获全胜，普军几乎全军覆没。达武以2万人的劣势兵力击败了5万人的普军主力，消灭普军达10；000多人，伤数千人，俘虏数千人，缴获大炮115门，在法国军事历史上记下了光辉的一笔。达武为此也付出了沉重的代价，阵亡将士达7；000多人，各部减员达40％。而耶拿战役中拿破仑减员仅5％。
“达武元帅的军团创造了一个奇迹。”拿破仑对达武的英勇作战称赞不已。“这位元帅表现了他卓越的勇敢和坚定的性格，这是作为一名武将所必不可少的。”但是在给约瑟芬的信中，拿破仑没有提到达武的“卓越的勇敢”和非凡的战功。“mon amie（我亲爱的），”他在耶拿战役之后给约瑟芬的信中说，“我用妙计打击普鲁士人，昨天我打了一个了不起的战役。”
拿破仑在官方的公告和报道中也没有给拉纳和他勇敢的军团以应有的嘉奖。和奥斯特里茨战役一样，这位伟大的皇帝显然有些嫉妒他
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